首先是东皇太一以巫族杀害自己的儿子为由而立刻向巫族下了战书，与此同时，巫族同样因为夸父和后羿的陨落而记恨太古天庭，也向东皇太一下了战书。
这一刻，着名的天地大劫巫妖大战终于爆发了。
巫族十位祖巫以及大量太古洪荒大巫（九凤、蚩尤、刑天、相柳、于儿、禺虢等等）联手作战一同杀上了太古洪荒天庭。
而妖族高手此时就只有天帝东皇太一和一众太古妖神了。
东皇太一执掌混沌钟主宰三界，他手下则有众多太古洪荒妖神，其中以十大妖圣最为出名，他们分别是：计蒙、英招、白泽、飞诞、飞廉、九婴、呲铁、商羊、钦原、鬼车。
面对着巫族的来犯，一众妖神凭借周天星斗大阵和混元河洛大阵守护天庭。
巫妖大战爆发，妖族出身的女娲娘娘虽然很痛恨东皇太一，但是对本族安危她还是心存挂念和担忧的。不过由于此时的女娲娘娘身为圣人，不可逆了天数，故未插手妖巫之争，只能眼睁睁看着双方大战而无能为力。
初步的战争中，巫族高手帝江遭妖神道围攻而陨落身亡，这下巫族仅剩余九大祖巫（句芒、蓐收、烛九阴、强良、奢比尸、天吴、弇兹、玄冥、后土）。
一位祖巫陨落那无异于巫族的顶梁柱坍塌，面对着同伴帝江陨落的悲剧，一众祖巫疯了，他们更是不要命的同天庭大战，战争至此是彻底进入了白热化阶段，纵然鸿钧老祖等天道圣人亲自出手也未能阻止。
战争期间，东皇太一虽然有先天至宝，但由于太一未得证元始，便不能发挥先天至宝的真正威力，无法以混沌钟彻底镇压妖族的气运，所以战争的结果并没有走向东皇太一预测的方向。
也不知道战争进行了多久，反正战争结束以后，其余祖巫也都一一陨落而尽，在这些祖巫之中以玄冥修为最强，他运转神通直接与天庭领袖东皇太一同归于尽，至于其余的高手更是死伤殆尽，难以活命。
虽然巫族经此一战损失惨重，但是妖族同样也好不到哪里去，随着首领东皇太一阵亡，随着一众上古妖神陨落，庞大的太古天庭在这一刻终于走向了末世。
至于剩余的妖族，要么躲藏起来，要么归附玄门，要么就去投奔女娲娘娘，总之巫妖两族由此势弱，并失去了争霸洪荒的实力，被迫退出历史舞台，而人族在三皇治世，五帝为君后兴盛，开始了称霸洪荒的时代。
见此状况，各个天道圣人纷纷开派立教，招收门徒，太上老君所创的人教、元始天尊所创的阐教、通天教主所创的截教都在这时快速兴起。
由于三清继承鸿钧道人，是为亲传弟子，三清各自所创的人教、阐教、截教合在一起统称为鸿钧大道。
鸿钧道人是何等威名，再加上又有三位天道圣人言传身教，是以天下万灵纷纷入投鸿钧大道。
而八景宫，玉虚宫和碧游宫在此时是火速膨胀，鸿钧大道更是借此刻成为正宗，至于三位掌教则大有共分三界的趋势。
在太上老君，元始天尊和通天教主无限风光的时候，西方圣人们也不甘示弱，也立刻开教收徒，例如接引道人演沙门，立西方教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为佛母菩提祖师。这准提道人据传与女娲关系非同一般，且神通广大知晓未来，如收孙悟空为弟子、借山河社稷图共同培育三千佛陀等。
再说退出妖族的女娲娘娘，她本人因不忍妖族同类彻底灭亡，便亲自出手干涉了人族的追杀行动，女娲娘娘是何等身份，她的话谁敢不听呢？就这样妖族得到了苟延残喘的机会。不过在救妖族同类时，女娲娘娘也顺带着救下了巫族，至此巫族算是承了女娲的情，并开始萌生了与妖族和好的心思。
而妖族残余势力此时正因为首领东皇太一的陨落而惶恐度日呢，结果这时看到女娲娘娘不计前嫌再次出手庇护他们，因此这些剩余的妖族便纷纷跪求女娲娘娘，希望女娲娘娘可以永久保护他们。
女娲娘娘出于对妖族的保护，也出于自己处在孤掌难鸣境地的考虑，便答应了妖族的请求，直接创立妖教统帅天下万妖，与三清西方二圣分庭抗礼。
女娲娘娘虽然是天道圣人，以前也并没有执政的经验，但是一旦干起来了，那也是有几把刷子的。
在她的执政下，妖族改变了策略，首先主动与巫族修好，随后以妖教立足对抗人族，最后休养生息，慢慢恢复妖族之力。
至此女娲娘娘执掌的妖族才算彻底稳固，其中有生力量包含了以鲲鹏、英招、计蒙、毕方、穷奇、开明、陆吾、饕餮八大妖神为首的残余洪荒力量，同时还包含了以彩凤、金羽、彩鹊、青鸾、火凤、白虎等凤凰鸟兽一族为辅的新生力量。
此外还有兵角共三千七百万余，大舰百万艘，各种灵药，法器，雷火球珠，神雷冲，元磁筒，烈火旗门，玄阴弓箭，铠甲，麒麟战兽，白虎战兽，万里穿云战兽，等等不计其数。
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